以前は2リッター4気筒の量産エンジンのブロック･ヘッドなどを流用して専用エンジンに仕立てられていたF3エンジンですが、2013年にFIAがエンジン規定を大きく変更。気筒数、排気量の変更はないものの、量産エンジンをベースとする必要はなくなり、使用される各パーツの重量、サイズなど細かい規定が設定されてはいるものの、純粋なレーシングエンジンとして設計･開発するフリーデザインエンジンとなったほか、時代の流れに沿う形で燃料をシリンダー内に直接噴射する、いわゆる直噴エンジンとなりました。
また26mm径のリストリクターによる吸気制限で、約210馬力程度の出力にコントロールされていましたが、新規定移行に伴いリストリクター径も28mmへと拡大し、流入する空気量が増え、現在では約240馬力とパワーアップしています。しかしながら、以前と同様に吸気量制限されていることには変わりなく、各エンジンともに、ほぼ横並びの出力性能となっています。この様にF3ではシャシーやタイヤだけでなく、エンジン面でもイコールコンディションが保たれています。
その一方、FIAはF3エンジンに対し年間走行マイレージの保証や使用コストの上限を設定しており、これによりエンジンコストの高騰を防ぎ、どのエンジンチューナーのF3エンジンであっても、ほぼ同コストでエントラントが使用できる環境が整えられました。
また各チューナーは、エンジン仕様をFIAにホモロゲーション（公認）申請し、承認を受けると、次のホモロゲーションイヤーが来るまで、仕様変更できないこととなっています。2013年の新エンジン規定移行に際し、同年にホモロゲーションを受けた日本の複数のエンジンチューナーに対し、新型エンジンへの移行を1年遅らせたメルセデスやフォルクスワーゲンなどは2014年にホモロゲーションを取得。スリーボンドエンジンも欧州勢と同様に2014年にホモロゲーションを取得しており現在はホモロゲーションイヤーの異なるエンジンが同じ土俵で戦っている状況となっています。